在主角相继死去后，戏中就剩下婉后。结果，一把飞剑又结束了这位女人对于“情欲”的挣扎。究竟是谁杀了婉儿呢？该片的制片人王中磊称，“如果按照早前的剧本解释，婉儿贴身婢女凌儿，是最后在暗处发出这阴冷一剑的真正凶手。”原剧本中曾把凌儿设置为太常卿安插在皇后身边的“内线”，不过后来由于人物关系太繁杂，冯小刚就把这层关系砍掉了。
其实在影片中也可以看到有多处暗示，在婉儿给皇上的酒中下毒后，专门给婉儿的丫鬟凌儿一个特写的镜头，在太子身重剧毒后，婉儿喊道让凌儿呼唤太医，但是却没有任何动静。再加上婉儿在中剑后转身看到了凶手，面露惊讶的表情足以说明是一个身边信赖的人。
对于修改后的结局，编剧盛和煜幽默地表示：“谁都可以杀死章子怡！不交代真凶是谁，是为了说明章子怡的被杀是一种命运的必然，所有贪婪的欲望到最后都会导致毁灭！这一结局是对全片故事的一次精神升华。”
