《甄嬛传》以及《如懿传》的小说中并没有提到甄嬛的去世原因，不过在历史上，甄嬛的原型钮祜禄氏是在86岁时因病去世。
乾隆四十二年（1777）正月初八日，乾隆帝奉皇太后到圆明园。皇太后驻跸圆明园期间，几乎都住在长春仙馆，因为这里距皇帝处理政务的正大光明殿和皇帝的寝宫九洲清宴都很近，便于皇帝给皇太后问安侍膳。
正月初九日，乾隆帝陪着皇太后在九洲清宴一边进膳，一边观看节日的灯火，妃嫔和皇子、皇孙们也都陪侍在旁，“五世同堂，同伸欢忭”。乾隆帝见皇太后“慈颜康豫，不减常年”，非常高兴。这一年，皇太后86岁，乾隆帝67岁。他想皇太后90岁大寿时，自己也是71岁的老人了。那时一定要为皇太后更隆重地庆祝一番。
正月十四日行完祈谷大祀后，乾隆帝闻知皇太后身体不豫，赶到长春仙馆看望，当天晚上还陪着皇太后在同乐园进晚膳。皇太后当时的病情并不重，只是偶尔违和，抓紧调治后，病情大有好转。可是没过几天，病情出现反复，而且较前加重。皇太后不想把病情转重的事让皇帝知道，怕引起儿子烦心，影响理政，所以在皇帝问安时，故意谈笑如常。
到正月二十二日，皇太后病情已十分严重，这一天乾隆帝看望了母亲两次。这天深夜，皇太后已进入弥留状态。乾隆帝守候在旁。到了二十三日子刻，皇太后“痰忽上涌，遂于丑刻病逝”，终年86岁。举国致哀，尊谥号定为“孝圣慈宣康惠敦和诚徽仁穆敬天光圣宪皇后”（因此后世称其为孝圣宪皇后），葬于泰东陵。
