《我不是药神》这部电影除了印度部分，其他全部是在南京拍的。在南京有不少网友在网络上发过《我不是药神》拍摄现场的照片，有的场景显示是在秦淮区的西方巷，还有河西的奥体中心一带，甚至有不少网友还是《我不是药神》的群演。据了解警官学院、大厂一带也是电影的取景地。
为了突出人物的市井感，电影里很多画面都是在能仁里农贸市场里取景，它是雨花台西边人气最旺的菜场，甚至距离这里远的人都会来这里买菜，它拥有这么高人气的秘密是在于它附近有很多吃的！阿财菜馆、水西门鸭子店等，这些老店都吸引了很多吃货。
在剧中，在小店吃饭的那一幕是在夫子庙面馆里面，是很多南京人最爱去的苍蝇小店，它的店面不大，但是老锅老灶烧出的美味还是让很多吃货流连忘返。来这里点上一碗老城南口味的老卤面，再来一笼小笼包，这就是南京人永远忘不掉的味道。
《我不是药神》中的绝大多数场景，都是在大厂地区取景的。西厂门靠近厂区杂货铺、小吃铺、老式的发廊、毛线店、棋牌室，满眼都是开了十几年甚至几十年的老店铺，每到周末就很多人来这里逛街，整个街道都堵满人，是来感受老南京的好地方。
剧组曾先后两次在扬子医院进行拍摄，那场兜售药物的戏，应该就是在这家医院拍摄，南京扬子医院是一所集医疗教学科研保健及急救为一体的综合性二级甲等医院和国家级爱婴医院，地处经济发达的南京市沿江开发区，是南京市首批医保定点医院。
