不同的品种的哈士奇，毛发的颜色和组成是不一样的。形成哈士奇毛发颜色不同的基本原因就是哈士奇的遗传基因在起作用。基因不同，所以哈士奇幼犬的毛发也不是相同的。而且有的时候因为基因遗传的缘故，在身上所体现出来的方式也不一样。像有一些颜色可以在哈士奇下一代中体现出来，而还有一些颜色需要在下两代或者好几代中才能显现。这就是决定哈士奇毛发颜色的秘密——基因决定着哈士奇毛发的颜色。
举例说明纯色基因的遗传，比如一条携带两个黑色基因的纯毛哈士奇公犬与一条携带黑色和红色两个基因的哈士奇母犬交配的情况。哈士奇公犬和哈士奇母犬均显示黑白毛色，因为哈士奇母犬的红色隐性基因被它的显性黑色基因掩盖了。四个后代都遗传了两个纯色的基因，一个来自父亲一个来自母亲，但是来自父亲或母亲的哪一个基因则是自由选择的。基因遗传的比例显示如下。每条小狗都从父亲那遗传黑色基因，因为它们的父亲只有黑色基因。它们从母亲那遗传要么黑色基因要么红色基因，都是百分之五十的机率。所有的后代都显示黑白毛色，因为黑色显性基因掩盖了红色的隐性基因。不可能分辨出哪个后代携带了红色隐性基因，因此都象它们的父母一样显示的是黑白毛色。
如果一条狗携带两个黑色基因与另一条携带两个红色基因的狗交配，它们的后代也将显示黑白色，因为它们都从父亲那遗传了黑色基因（父亲只有两个黑色基因可以提供）。然后，所有的哈士奇后代都将携带一个隐性基因（红色基因）遗传自母亲（母亲只有红色基因可以提供）。从表面上看不出这些后代是否携带红色基因，但如果知道它们的母亲是红色的，则它们一定携带一个隐性红色基因。 如果一条狗携带了一个黑色和一个红色的基因，与另一条同样携带一个黑色和一个红色基因的狗交配。后代的毛色显示的比例如下图。一条狗将显示红色，因为它携带两个红色隐性基因，一个来自它的父亲，一个来自它的母亲。其它的后代将显示黑白颜色，尽管会有两条狗各自携带一个红色隐性基因。其中一条狗将携带两个黑色基因显示黑白色，与另外携带一个黑色基因和一个红色基因的狗显示一样的毛色。
如果一条狗携带一个黑色基因和一个红色基因与另一条携带两个红色基因的狗交配，后代毛色的显示机率如图。所有的后代将携带隐性的红色基因（它们的母亲只能遗传这个给它们）。两个后代将显示红色，因为它们携带两个红色隐性基因，另外两个将显示黑白色尽管它们携带一个隐藏的隐性红色基因。
由此可见，哈士奇显性遗传是最直接的，主人们可以在下一代的身上直接的观察出来。而隐性遗传却需要好几代的繁衍才能显现。因此主人们要想得到自己喜欢的颜色的哈士奇，那么在对哈士奇进行配种的时候也要格外注意，选好相对应的毛发颜色的哈士奇种犬让它们进行繁衍，那么就可以繁育出主人们喜欢的颜色了。
